荒漠与绿洲生态国家重点实验室于2011年4月批准建设，是新疆首个国家重点实验室。实验室面向国际干旱区研究前沿、国家经济社会发展重大需求和国民经济建设主战场，重点开展干旱区水资源利用与生态水文过程、绿洲生态过程与可持续管理、荒漠生态过程与荒漠化防治以及山地－绿洲－荒漠生态系统过程与区域综合模拟等方面研究，服务于国家丝绸之路经济带建设，为解决西北干旱区的资源可持续利用、生态可持续管理、区域可持续发展等重大科学与技术问题做出积极贡献。
2016年是一个科研任务十分饱满的一年。实验室在研课题116项，其中，国家重大科学研究计划项目1项，课题4项，国家科技支撑计划课题3项，国际合作项目4项，国家自然科学基金项目42项，省部级项目15项，中国科学院项目25项，科研经费总额达2亿元。

2016年实验室新上项目大幅增加。实验室2016年新上项目25项，经费7167万元。其中：国家重点研发计划项目1项，经费2200万元；国家自然科学基金项目10项，经费930万元；中国科学院（野外站网络、联盟、STS等）项目10项，经费3689万元；横向课题4项，经费300万元。2016年获批（2017年启动）国家自然科学基金项目14项，重点项目1项，总经费1865万元。

科研成果由数量增长型向质量提升型转变。实验室注重干旱区地理学和生态学交叉学科的研究与创新，科研成果正由数量增长型向质量提升型转变。2016年度实验室出版发表专著2部，发表论文241篇，SCI论文153篇，其中，Scientific Reports 6篇、Hydrology and Earth System Sciences 4篇，另外，在Geophysical Research Letters、Journal of Geophysical Research、Journal of Hydrology、Plant and Soil、New Phytologist以及Remote Sensing of Environment等刊物也有多篇文章发表。授权国家发明专利20项，登记软件20项。《西北干旱区水资源形成、转化与未来趋势研究》成果获新疆科技进步1等奖；《荒漠河岸植被生态水文机理与调控技术》成果获新疆科技进步2等奖；《西北干旱区水资源问题研究思考》获2016年首届最具影响力中国地理期刊优秀论文。

    实验室在吸引招聘优秀人才十分困难环境下，2016年引进新疆千人计划3人（通过答辩），同时重点加大了本土优秀年轻人才的培养力度。2016年先后资助和选送了10名优秀年轻科研人员到美国、澳大利亚等地进修学习；积极利用国家人才培养计划，实验室还选送了7名在读的优秀研究生到美国、英国、比利时进行培养提高。目前，实验室在读硕士研究生116名，博士研究生112名，在站博士后31名。2016年硕士研究生毕业28名、博士研究生毕业11名，其中包括来自吉尔吉斯坦、哈萨克斯坦、巴基斯坦、印度等国的留学生。

    实验室多名年轻学者获得殊荣。蔡克大研究员入选国家“创新人才推进计划”；桂东伟、黄刚入选新疆杰出青年科技人才，马龙、朱成刚、苏里坦入选优秀青年科技人才；凌红波入选“国家高层次人才特殊支持计划”后备人选；杨玉海荣获2016年度“西部之光”计划优秀入选者；潘响亮研究员入选第二批国家“万人计划”领军人才，并荣获 中国科学院优秀导师奖；曾凡江获“中国科学院优秀共产党员”荣誉称号；实验室获2016年度中国科学院新疆分院先进党支部荣誉。

    2016年实验室学术交流857人次，其中，邀请国外同行来实验室学术交流71人次，国际会议交流72人次；实验室主办承办或协办学术会议7次。2016年5月14-21日开放期间，有1000余人到实验室参观和考察学习。