荒漠与绿洲生态国家重点实验室于2011年4月批准建设，是新疆首个H国家重点实验室HH。实验室围绕国家西部大开发经济社会发展和生态建设需要，重点开展干旱区水资源利用与生态水文过程、绿洲生态过程与可持续管理、荒漠生态过程与荒漠化防治以及山地－绿洲－荒漠生态系统过程与区域综合模拟等方面研究，为解决国家新一轮西部大开发面临的资源可持续利用、生态可持续管理、区域可持续发展等重大科学与技术问题做出贡献。
2012年实验室共承担课题131项，其中，国家科技部973项目2项，国家科技支撑计划课题2项，科技部国际合作项目15项，国家自然科学基金项目34项，省部级项目13项，中国科学院项目41项，经费总额为22751万元。2012年新申请国家自然科学基金项目19项，其中，重点项目1项，国家自然科学基金-新疆联合基金本地优秀青年人才专项2项，面上项目12项，青年基金项目4项，研究经费总额1504.5万元。
2012年度实验室研究人员发表论文291篇，其中，SCI论文112篇，EI论文9篇。授权国家发明专利11项，登记软件著作权18项。
2012年实验室获新疆科技进步一等奖两项。实验室学术交流480人次，其中，邀请国外同行来实验室学术交流55人次，国际会议交流87人次；实验室主办承办或协办大型学术会议2次。2012年10月10-25日开放期间，有600余人到实验室参观和考察学习。
2012年新引进百人计划1名、新疆千人计划1名。
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