十九大以来，党中央提出的一系列生态文明建设的新理念、新思想、新战略，明确提出“绿水青山就是金山银山”的绿色发展理念，这不仅深刻揭示了山水林田湖草系统统筹优化对人类健康生存与永续发展的意义，同时为推动生态文明建设和生态环境保护提供了行动纲领。
        2000年以来，塔里木河流域退化的生态系统在党中央、地方政府的倡导与支持下，在流域管理部门努力下，经过近期综合治理，取得较为显著的生态恢复效益。进入“十三五”以来，在党中央绿色发展理念下，塔里木河流域在如期完成流域节水、干流水量保障和向塔里木河下游生态输水的同时，及时启动塔里木河重点胡杨林保护区生态补水工程，2016-2018年分别向巴楚、沙雅、轮台三个重点胡杨林保护区生态补水4.7亿方、5.04亿方和5.24亿方。
        塔里木河流域生态保护与水资源管理中心的科研人员基于高分卫星数据，对塔里木河流域重点胡杨林保护区近三年生态补水效益进行了监测评估。结果显示，生态补水效果显著。
        塔里木河巴楚重点胡杨林保护区天然植被面积由生态补水前2016年的873.94 km²上升到2018年的1199.44 km²，累积增加325.50 km²，天然植被面积土地利用占比由2016年的24%提升至218年的33%；植被归一化指数（NDVI）呈现明显增加趋势；低植被覆盖度（覆盖度<15%）面积由2016年的555.72 km² 增大到2018年的707.38 km² ， 累计增加151.66 km² ，增幅27.29%；中植被覆盖度（覆盖度15-40%）面积由2016年的298.91 km²增加到2018年的420.53 km² ，累计增加121.62 km² ，增幅40.69%；高植被覆盖度（覆盖度>40%）面积由2016年的19.31 km²增加到2018年的71.52 km²，累计增加52.22 km²，增幅达到270.43%。
        塔里木河沙雅重点胡杨林保护区天然植被面积由生态补水前2016年的1258.36 km²增加到2018年的1302.86 km² ，增加44.49 km²，天然植被面积呈增加趋势，天然植被占比由2016年的69%上升到2018年的71%；保护区内低NDVI （<0.3）植被面积呈现波动下降趋势，而中、高NDVI （>0.3）植被面积呈现整体上升趋势，生态补水促进沙雅天然植被长势总体趋好；虽然中低盖度天然植被面积略有减少，共计减少19.34 km²，但是高覆盖度（覆盖度>40%）天然植被面积由2016年的109.06  km2增加到2018年的231.92  km² ，累计增加63.80km² ，增幅达到58.50%，生态补水使得保护区内植被长势变好，低盖度植被向高盖度转变。
        塔里木河轮台重点胡杨林保护区经过三年生态补水，天然植被面积由2016年的 436.14 km²，上升到2018年的636.10 km² ，累计增加了199.96 km²，天然植被土地利用占比由2016年的50%增加到2018年的73%。轮台胡杨林保护区内植被归一化指数低NDVI（NDVI<0.3）植被面积由2016年的362.48 km²下降到2017年的341.44 km² ，再增加到2018年的394.37 km² 。中高NDVI（NDVI>0.3）植被面积由2016年的73.66 km²增加到2017年的228.88 km² ，再增加到2018年的241.73 km²；低覆盖度（<15%）的植被面积三年累积减少49.15 km²，中覆盖度（15%<覆盖度<40%）植被面积累计增加171.57 km² ，增幅92.32%，高覆盖度（>40%）的植被面积累计增加77.54 km²，增幅232.09%，经过生态补水，低植被覆盖度的区域开始向中植被覆盖度与高植被覆盖度转变，生态效益明显。